En los cultivos hidroponicos también se desarrollan enfermedades y plagas, con la diferencia de que existe mucho mas control y aislamiento que en los cultivos en tierra al aire libre.

Los controles de la calidad del agua, PH, uso de nutrientes, concentración de sales, temperatura, humedad y otros, contribuyen a un ahorro de pesticidas y fertilizantes a favor del medio ambiente.

Los hongos que atacan las plántulas de los almacigos como Phytium o Fusarium son mas controlables en los sistemas hidroponicos, ya que son cultivos sin suelo y lo que pueda existir es debido a contaminaciones externas por herramientas, implementos o semillas.

La Limpieza con hipoclorito de sodio de las bandejas de siembra, palitas, picos de riego o mesadas neutraliza la cantidad de gérmenes existentes. En muchos invernaculos, se secan laminas plásticas cubriendo el suelo para evitar la contaminación de hongos.

ENFERMEDADES

Son provocadas por bacterias, hongo y virus. Las enfermedades fúngicas son el origen de la mayoría de los problemas sanitarios, por las condiciones que se desarrollan bajo vidrio, protegidos por temperaturas adecuadas y humedad.

La mayoría de las enfermedades provocadas por bacterias y virus son transmitidas por insectos picadores, chupadores o raedores, como chinches, pulgones y trips.

Las enfermedades no parasitarias son causa del exceso de temperatura, cambios bruscos de calor a frio, desequilibrios diversos en el consumo de agua, etc, que provocan, por ejemplo, daños en la formación de frutos, deformándolos.